- "Al recuperarse el sistema de filtración se ha activado una cuarentena, tranquilicémonos todos..."
- —Zach Hammond
Las cuarentenas son un sistema de defensa del USG Ishimura, USM Valor, la colonia de Aegis VII y la estación Titan, usado para retener a enfermos y a fugitivos.
También puede usarse ante un caso de accidente catastrófico en una sala (como cuando en el USM Valor se escapo material radiactivo) o se produzca una contaminación del aire.
En varias ocasiones, Isaac Clarke se verá atrapado en cuarentenas por invasión de necromorfos. Cuando eso ocurre, le sera imposible irse de la sala hasta que haya matado a todos los necromorfos, ademas de que la sala se pondrá oscura (esto ultimo, junto a su capacidad de esconderse en el sistema de filtración, lo aprovecharan los necromorfos para tender a Isaac una emboscada). Son muy útiles para salvaguardar a los tripulantes de las naves y los habitantes de las colonias de cualquier riesgo alcanzable pero son inútiles contra los necromorfos, conviertiendose en trampas mortales en lugar de una salvación y siendo totalmente contraproducentes.