Перед битвой с Кровавой Луной у Айзека сломался шлем и он его выбросил, а в начале дополнения у него целый костюм, как и у Карвера, тем более после такого падения.
Дополнение немного странное, по крайне мере нету четкого ответа, что было после падения.
У меня другая мысль по этому поводу. DS не далеко ушла в плане сюжета от ME. Обелиски создали какие то пришельцы. Мотивы этих пришельцев могут быть разные, от простого способа к "вечной жизни", до собирания новой армии против кого то. В какой то записи говорилось, что жизни было полно в космосе, но теперь он мертвый и Земля чуть ли не единственная не "съеденная" планета Кровавыми Лунами.
Ждем DS4, надеюсь там будут новые ответы.
В 1 части скорее всего Обелиск хотел вернуться и начать Объединение, а не устроить его на Ишимуре, потому что для этого процесса нужно отправлять тела в космос. Мы знаем, что редкие кадры людей видят символы и тем самым слышат Обелиск, большинство сходит с ума, убивают других, а потом и себя.
Обелиск манипулировал Айзеком и Терренсом. Их видениями о близких он говорил, что его необходимо вернуть обратно.
Сомневаюсь, что это ошибка в сюжете на мой взгляд все правильно. На счет книг не знаю, не читал.